方氏易学指明末以方孔炤、方以智父子为代表的方氏家族的易学。由方孔熠三易其稿，方以智主持编定的《周易时论合编》是其代表作。方氏易学从易学中的气论观点出发，解释阴阳和五行的起源及其性能。他们吸收了张载以来“虚空即气”的观点，提出“两间皆气”说，认为天地之间充满了气，一切有形的和无形的东西都是气化的产物。大一之气或元气自身分化为阴阳二气，阴阳二气“自相盘旋”，相互转化，又分化出五行之气，五气凝聚成形则为五材，即水、火、木、金、土，五材又隐藏着五气，五气各具阴阳之性，彼此相制而又相成，交相为用，最终又归于一气，防阳五行皆一气流行的产物。气分为阴阳和五行，并非分而相离，而是相互包涵，阴阳即在五行中，“一时俱生俱成”，没有时间上的先后次序，但仍有差别和层次，所谓“不碍于次第质论”(《时论合编•图象几表•图书五行》)”。
    这种观点是说，从大一之气到阴阳二气，再到五行之气，此种分化或转化过程，同样基于蕴涵关系，乃一逻辑地展开的系列。这就使其阴阳五行说具有了本体论的意义。
    据此，方氏着重研究了阴阳以及五行之间的涵蕴关系。关于阴阳二气，方氏阐述了阴阳体用互藏说。明代医学家张景岳著《类经图翼》曾提出“阳中有阴，阴中有阳”，“阴阳之中复有阴阳”的“阴阳互藏”说。方氏受其影响，认为阳气无形体，以阴为体；此阴之体又以阳为用。如火性为阳，其凝聚成体而为阴，方有火炎向上，这是阳以阴为体，水性为阴，其中藏有阳气，方能流动润下，这是阴之体以阳为用，即以其功能属于阳。总之，阳总是藏于阴之中，成为主导。这就是“阴阳体用互藏”，又叫做“阴阳自轮为主客体用”。阴阳不仅相互渗透，而且互为体用，相互包涵，是一个不可分离的整体。因此，由气构成的万物就“物物有水火，物物有坎离”(《时论合编•坎》)，都含有阴阳两个方面。这种解释，不仅表示阴阳相互依存，不可分割，而且突出了阳的主导作用。是对朱熹以来“阴阳各生阴阳”说的进一步发挥。其以实体为阴，功能为阳，以功能和实体相互渗透和转化的观点，说明任何物体都具有两重性，又实发前人所未发。
    关于五行之间的关系，又阐发了五行互藏互化说。张景岳在其阴阳互藏说的基础上，也曾提出五行互藏说，认为五行之中各有五行，五行互相包涵。•如其所说：“所谓五者之中在互藏者，如木之有津，木中水也。土之有泉，土中水也，，金之有液，金中水也。火之熔物，火中水也。……火之互藏，木钻之而见，金击之而见，石凿之而见：。惟水中之火，人多不知，而油能生火，雨大生雷，湿多生热，皆是也。”(《类经图翼•五行统论)
    方氏易学的五行观即吸收此种学说而来。方氏不仅区分了五气和五材，而且详细分析了五行各自的性能。认为水为湿气，火为燥气，木为生气，金为杀气，土为冲和之气，能调合各种气，所以水火木金四气皆因土而成形，为五材，土形为五材之主。这样，其五行又成了物质的五种性能及构成物体的五大元素。在方氏看来，五行不仅相生相克，而且互藏互化。如其论海水的由来说，土中藏有火气，火气上升，遇冷则转化为水气，水气凝结成水则下降。地体最重，水轻于土，故下降之水浮于地上。地球形如胡桃，有凸有凹，水则汇集于凹处而成海。这是以水火土三行的性能和互藏互化解释海水的形成。又如海夜而发光，烧酒能发热，因为水中有火的成分，积雪融化凝为泥沙，因为水中藏有土。地中的土气受太阳照射而蒸发，其中含有火性，所以上升，遇冷又化为水气成为云，如果日照积久，地气乾燥之极则化为火，火燃土石化为灰烬，从地穴中喷涌而出，则成为火山。总之，五行之气相互包涵，一行之中各具四行，自然物性所以有差别，在于所禀五行之气的多少强弱不同。此说不仅认为不同的物质形态相互包涵，而且互相转化，五行作为阴阳二气运动的形式，不是孤立存在的，而是紧密联系在一起的。此种对物质现象变化的观察，同样闪烁着辩证思维的光芒。
    方氏易学还讨论了五行之中哪一行最为重要的问题，在张景岳推崇水火二行的基础上，又提出了五行尊火说，方氏认为，五行说到底可以归之为水火二行，如气候的变化归为寒暑，气体的变化基于水火，五脏则以心肾为主，心为水，肾为火。这是因为水火二气乃阴阳二气的代表，就易学说，坎离为乾坤之正用，关于水火二气，方氏更推崇火气。其《周易时论合编》卷前的《图象几表》中，专门写了《五行尊火为宗说》，认为五行以火为尊，火为五行之宗主。他说，世人只知火能生土，却不知火能生金、生水、生木。其实，金非火不能炼成，水非火不能升降，木非火不能向荣。土中、石中、金中、海中、树中，经过敲击钻取，无不有火生出。火气无体，善于变化，所以能以其功能藏于万物之中，而又能生成万物。就人的生理而言，形骸五脏六腑十二经络，独以心火为君，命火为臣，方能助生化食，资养骨肉。此火不调，则百病生；此火一散，则骸废。人初死之时，形骸俱在，独此火一去，则构成形体的四大要素土金水木，就都溃散了。这是以火为五行的宗主，并视其为事物运动变化和生命的泉源。
    方氏的阴阳五行观，以七大元素解释自然现象的特征及其性能，以阴阳互藏和五行互化的观点，考察物质世界运动变化的过程，说明世界的多样性和统一性，从而将易学中的阴阳五行学说发展到了一个新的水平，也大大丰富了张载以来的气论哲学和辩证思维，对王夫之的易学哲学起了重要影响。